Das Missionsärztliche Institut ist Träger zweier Stiftungen.

Sie sollen langfristig einen Beitrag zur personellen und finanziellen Unterstützung der Arbeit leisten, die das Institut seit mehr als 80 Jahren erbringt.

Die Missionsärztliche Stiftung „Partner für Gesundheit weltweit“ gibt es seit 2005. Ihr Ziel ist, missionsärztliche und wissenschaftliche Projekte des Instituts in Übersee und in Würzburg finanziell zu unterstützen. Zu den Schwerpunkten gehören die Aus- und Weiterbildung sowie die Beratung von medizinischem Fachpersonal der Gesundheitsdienste in den Ländern des Südens.

2006 wurde die „Stiftung für tropenmedizinische Forschung und Weiterbildung“ von der Regierung von Unterfranken stiftungsrechtlich anerkannt. Sie soll kirchliche Gesundheitsdienste in den Ländern des Südens stärken und auf die Bedeutung des Themas Gesundheit in Afrika, Asien und Lateinamerika hinweisen. Stifter ist der Arzt Dr. Gerhard Benedict Ott (Künzelsau).

Die Stiftung soll dazu beitragen, Fachkräfte in Entwicklungsländern auszubilden und deutsche Entwicklungshelfer auf Einsätze dort vorzubereiten. Sie unterstützt unter anderem angepasste Forschung in den Tropen. Dabei geht es darum, medizinische Techniken, die sich in Europa bewährt haben, so zu übersetzen, dass die unter einfachsten Bedingungen anwendbar sind. Unterstützt werden sollen auch Trainingskurse in Würzburg und in den Ländern des Südens. Sie reichen von der Anwendung von Ultraschall bis zum Laborkurs.